На Общо събрание, проведено на 17 ноември 2015 г. в 65-та аудитория на Ректората на СУ, със 190 гласа „за” проф. дфн Анастас Герджиков бе избран за ректор на най-старото и авторитетно висше училище в България. Другият кандидат за поста – чл.-кор. проф. дхн Тони Спасов, получи 162 гласа в своя подкрепа.
Проф. дин Иван Илчев връчи ключа на Университета на новия ректор с пожеланието да отключи Софийския университет много повече към света. Проф. Илчев благодари на двамата кандидати за поста за това, че са се държали достойно в една атмосфера, която някои са опитвали да направят недостойна.
Проф. Анастас Герджиков благодари на всички, които са го подкрепили и на всички, които са подкрепили проф. Тони Спасов. Той изказа благодарност на проф. Тони Спасов за толерантната кампания и подчерта, че е бил достоен съперник. По думите му в дебата между двамата, с помощта на академичната общност, са се откроили основните проблеми и пътищата, по които Университетът трябва да тръгне.„Надявам се, наистина този ключ да бъде знак за това, че ще отворим Университета и към София, и към света”. Той призова академичната общност да не прекратява този дебат и той да не се провежда веднъж на четири години. „Помагайте ни с това, че вашите идеи са много повече от идеите на онези 50 души, които се включиха активно през последните четири години. Когато вместо 50 души помагат 400 или 500, разликата ще бъде видима и затова наистина от сърце ви призовавам включете се в работните групи, в проектите и всичките дейности на Университета по този начин, по който бяхте активни през последния месец”, каза още проф. Герджиков.
От 1990 г. е хоноруван, а от 1991 г. е редовен асистент по латински език в СУ „Св. Климент Охридски". Специализирал е в Австрия (1994 г., стипендия на Австрийската служба за академичен обмен) и в Германия (1997 г., стипендия на Германската служба за академичен обмен). През 2001 г. получава образователната и научна степен „доктор" (дисертационен труд „Понятието clementia в традицията на римската литература от периода на републиката и идеологията на ранния принципат"). От 2004 г. е доцент по антична литература (хабилитационен труд „Образът на владетеля в корпуса на латинските панегирици"). През 2006 г. получава научната степен „доктор на филологическите науки" (дисертационен труд „Огледалото на владетеля. Възникване и развитие на жанра Speculum regale в античността и ранното средновековие"). От 2008 г. е професор по антична и средновековна литература (хабилитационен труд „Развитие на жанра Speculum regale през ХII и XIII в.”).
Научните интереси на Анастас Герджиков са в областта на римската литература и политическата теория на античността и средновековието. Автор е на четири монографии и на над четиридесет студии и статии в областта на античната литература и на регламентацията на висшето образование, както и на първия превод на Аристотеловата „Политика".
Анастас Герджиков е бил заместник-министър на образованието и науката (2001- 2003 г.), управител на Фонд „Научни изследвания" (2007-2008 г.) и член на специализирания съвет по литературознание при ВАК (2007-2010 г.). От 2010 г. е заместник-ректор на СУ „Св. Климент Охридски", отговарящ за акредитация и научна дейност (2010-2011 г.) и за учебна дейност – докторанти и продължаващо обучение (2011- 2014 г.).
Член е на редакционната колегия на Стратегии на образователната и научната политика и на Bulgarian Journal of Science and Еduсаtion. Владее английски, немски, френски и руски език.